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Lissabon befindet sich am Nordufer des Tajo, kurz bevor er in den Atlantik fließt. Hier verengt sich das Flussdelta und formt einen tiefen natürlichen Hafen, der vermutlich der Hauptgrund war für die Errichtung der Stadt und ihre Bedeutung.
Die Stadt ist auf 7 Hügeln gebaut und ist so hügelig, dass zur Überwindung der Höhe extra einige Aufzüge und Standseilbahnen gebaut wurden.
Ein wichtiges geologisches Merkmal von Lissabon ist die Lage im Verhältnis zur tektonischen Aktivität. Die seismischen Aktivitäten stammen von der relativen Bewegung der eurasischen und der afrikanischen tektonischen Platte: Die afrikanische Platte stößt von Nordwesten gegen das südliche Iberia. Der ganze Südwesten von Iberia ist von dieser Aktivität betroffen, aber die Grenze zwischen diesen Platten ist schlecht definiert und das Epizentrum vom großen Erdbeben in Lissabon bleibt daher schwer fassbar.
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