Lisbonne est située sur la rive nord du fleuve Tage, juste avant qu'il ne débouche dans l'Atlantique. A cet endroit, l’estuaire se rétrécit, et un port naturel profond se forme, ce qui est probablement la raison principale de la création de la ville et de son importance. Elle est située à environ un tiers du Portugal en partant du sud.
La ville est construite sur sept collines. Elle est si pentue que des ascenseurs et des funiculaires ont été construits spécialement pour les déplacements verticaux.
Une caractéristique géologique importante de Lisbonne, par rapport à l’activité tectonique, est son emplacement. L’activité sismique est due aux mouvements relatifs des plaques tectoniques eurasienne et africaine : la plaque africaine pousse vers le nord-ouest contre l’Ibérie du Sud. L’ensemble du sud-ouest de l’Ibérie est touché par cette activité, mais la frontière entre ces plaques n’est pas bien définie, et l’épicentre du grand tremblement de terre de Lisbonne demeure inconnu.
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